Por la margen izquierda
Sus principales afluentes por la margen izquierda son: El Monzón, El Huayabamba, y el Mayo, esta última forma un valle amplio al Nor-Oeste de Moyobamba, conocido con el nombre de alto mayo, allí se cultiva arroz, además de otros productos
Por la margen derecha
Por la margen derecha tenemos el río Biabo, en su curso inferior está el puerto de Yurimaguas.
Por la margen izquierda
Los ríos Crisnejes, Chamaya, Chinchipe, Cenepa, Santiago,
En el alto Marañón: Morona, Pastaza y Tigre
En el bajo Marañón: río tigre el que tiene como principal afluente el río corrientes, en cuya cuenca se encuentran numerosos yacimientos petrolíferos en actual explotación.
Por la margen derecha
Los ríos Utcubamba en el alto Marañón y Huallaga en el bajo Marañón.
