El rey de España dividió las tierras conquistadas en dos gobernaciones
Nueva castilla.- desde el rio Santiago en ecuador hasta doscientas leguas al sur siendo gobernador Pizarro
Nueva Toledo.- al sur de la anterior , su gobernador Diego de Almagro
Almagro afirmaba que se gobernación se iniciaba en chincha , y por tanto el cuzco le pertenecía , realizo la expedición para conquistar chile durante la guerra contra manco Inca Almagro colaboro con Pizarro
Al no tener beneficios Almagro tomó prisionero a Hernando Pizarro y se producen las negociaciones
Al no haber solución la guerra se inicia con la batalla de las salinas, cerca al cuzco y almagra es derrotado y ejecutado
Diego de Almagro hijo, fue proclamado gobernador pero los Pizarristas pidieron el apoyo del rey de España quien envió ejércitos la mando de Cristóbal Naca de Castro , lograron derrotar al mozo en la batalla de chupas cerca de Ayacucho en 1542
