Existe una mística historia con respecto a su autor, se dice según Don Lázaro Costa Villavicencio que el moreno Benito fue liberado por su amo después de sobrevivir a una terrible epidemia de fiebre amarilla desatada en una corralón de Magdalena, donde atendió piadosamente a los enfermos, auxilio moribundos y enterró cadáveres; alojado en la ranchería de Pachacamilla , se sintió inspirado y decidió pintar al temple de su humilde cuartucho la imagen del Señor, interpretándolo en forma tan “real, bella, radiante, divina y sacra” como la vemos hoy en día; se dice también que muchos de los que lo veían pintar escuchaban música celestial y resplandores que salían de su habitación; por ello unos arcabuceros entraron para ver qué era lo que sucedía, y encontraron a Benito muerto al pie de la imagen y estaba en perfecto estado de conservación; el culto que empezaron a darle a la imagen hizo que las autoridades españolas lo consideren una idolatría, y mandaron a borrar la pintura, el obrero que fue mandado para hacerlo ni bien empezó a subir la escalera empezó a convulsionar y cayó al suelo desmayado. Otro que vino con el quedo con el brazo paralizado al acercarse a la pintura, el cielo se oscureció y empezó a caer una lluvia torrencial en la ciudad; ante tales prodigios fue revocada la orden de borrar el mural, entonces allí fue donde se elaboró la capilla.
Según la leyenda un 13 de noviembre de 1655 un terremoto enorme asolo Lima, y redujo a escombros a iglesias y edificios, que grande fue la sorpresa de la gente cuando vieron que una pared de adobe era la única que quedaba en pie en un modesto barrio en Pachacamilla, en este muro estaba la imagen de Cristo Crucificado; ¡el sismo había respetado solo a ese muro por tener esa maravillosa imagen!
El pueblo entero al ver este milagro le empezó a dar culto a la imagen; pasaron 32 años y un gran maremoto destruyó el Callao un 20 de octubre de 1687, destruyo incluso la capilla que habían construido en honor de la imagen, sin embargo, el altar mayor donde estaba el Señor de los Milagros quedo intacto.
Ese terrible día se hizo una copia en óleo del Señor de los Milagros y salió en procesión por las polvorientas calles del barrio de Pachacamilla, desde ese día se programó para todos los años sacar la imagen los días 18 y 19 de octubre.
Luego ocurrió otro gran terremoto el 28 de octubre de 1746, que consiguió volver a destruir la capilla y el monasterio del Señor de los Milagros, otra vez la imagen quedó en pie.
Desde aquella época, era cada vez más grande la multitud que acompañaba la imagen del Señor de los Milagros, hasta que logro convertirse en la más grande, fervorosa, fraternal y democrática concentración humana, durante tres días recorre puntos tan distantes de la ciudad como las nazarenas y los barrios altos, impregnando el místico perfume en el ámbito de la capital.
El virrey Amat y Juniet inicio la creación de un nuevo templo el cual inauguro el 20 de enero de 1776, el cual es hasta hoy en día quien recibe a los fieles; el hábito morado es por la orden de las Nazarenas.
Hoy en día el Señor de los Milagros recorre las calles de Lima en una de las procesiones más multitudinarias del mundo, es decir no menos de 2500 devotos tendrán el privilegio de cargar la imagen de nuestro Señor el cual va sobre unas andas de plata cubierto de flores y velas y en su parte trasera la imagen de la Virgen de las Nubes.
Otras ciudades del Perú también hacen una procesión local del Señor de los Milagros.
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Consagración al Señor de los Milagros
Señor de los Milagros, Humilde Nazareno.
Oración preparatoria para el Señor de los Milagros